Honda Vario menggunakan mesin eSP+ 4-katup. Mesin ini juga digunakan pada Honda PCX 160. Sebelumnya, Honda Vario 150 menggunakan mesin eSP biasa 2-katup. Dengan menggunakan mesin eSP+ 4-katup, Honda Vario 160 memiliki peningkatan kapasitas mesin dari 149,3 cc menjadi 156,9 cc.
Mesin eSP+ 4-katup pada Honda Vario 160 masih menggunakan konfigurasi SOHC (Single Overhead Camshaft) dan berpendingin cairan. Mesin ini telah dirancang dengan teknologi terkini untuk mengoptimalkan performa dan efisiensi bahan bakar.