Honda Vario memiliki dua varian utama yaitu Vario 150 dan Vario 160. Mesin yang digunakan pada kedua varian ini memiliki perbedaan.
Honda Vario 150
Honda Vario 150 menggunakan mesin eSP (enhanced Smart Power) yang memiliki kapasitas 149,3 cc. Mesin ini menggunakan konfigurasi SOHC (Single Overhead Camshaft) dengan 2 katup. Mesin eSP pada Vario 150 dirancang untuk memberikan performa yang baik dan efisiensi bahan bakar yang tinggi. Mesin ini juga dilengkapi dengan sistem pendingin berupa cairan (liquid-cooled) untuk menjaga suhu mesin tetap stabil.
Honda Vario 160
Honda Vario 160, yang merupakan versi terbaru dari Vario, menggunakan mesin eSP+ 4-katup. Mesin ini juga digunakan pada skutik premium Honda lainnya, yaitu Honda PCX 160. Mesin eSP+ pada Vario 160 memiliki kapasitas yang lebih besar, yaitu 156,9 cc. Mesin ini masih menggunakan konfigurasi SOHC seperti Vario 150, namun dengan penambahan 2 katup tambahan sehingga totalnya menjadi 4 katup.
Penggunaan mesin eSP+ 4-katup pada Vario 160 memberikan beberapa keunggulan dibandingkan dengan mesin eSP 2-katup pada Vario 150. Keunggulan tersebut antara lain peningkatan tenaga dan torsi, respons gas yang lebih baik, dan efisiensi bahan bakar yang lebih tinggi. Mesin eSP+ pada Vario 160 juga tetap dilengkapi dengan sistem pendingin cairan untuk menjaga suhu mesin tetap optimal.
Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa Honda Vario 150 menggunakan mesin eSP 2-katup, sedangkan Honda Vario 160 menggunakan mesin eSP+ 4-katup yang juga digunakan pada Honda PCX 160.