Vario ISS diluncurkan pada tahun 2013 dengan penambahan fitur Idling Stop System (ISS). Pada tanggal 20 Maret 2013, Honda meluncurkan varian Vario 125 yang dilengkapi dengan fitur ISS di Indonesia. Fitur ISS memungkinkan mesin mati secara otomatis setelah lebih dari 3 detik berhenti, sehingga dapat meningkatkan efisiensi bahan bakar.
Penambahan fitur ISS pada Vario 125 pada tahun 2013 merupakan upaya Honda untuk menghadirkan motor yang lebih ramah lingkungan dan efisien dalam penggunaan bahan bakar. Dengan adanya fitur ISS, pengendara tidak perlu khawatir mesin motor akan terus menyala saat terjebak dalam kemacetan atau saat berhenti sebentar di lampu merah. Fitur ini akan mengurangi konsumsi bahan bakar yang tidak perlu dan mengurangi emisi gas buang.
Selain fitur ISS, Vario 125 juga dilengkapi dengan teknologi PGM-FI (Programmed Fuel Injection) untuk mengoptimalkan pembakaran bahan bakar dan meningkatkan efisiensi. Mesin Vario 125 ISS menggunakan mesin 125 cc yang bertenaga, namun tetap hemat bahan bakar.
Vario 125 ISS tahun 2013 merupakan salah satu varian terbaru dari keluarga Vario yang telah lama populer di Indonesia. Dengan penambahan fitur ISS, Vario 125 semakin diminati oleh konsumen yang mengutamakan efisiensi bahan bakar dan kenyamanan dalam berkendara.