Honda Vario 125 CBS ISS merupakan skuter matik yang dilengkapi dengan mesin berkapasitas 124.8 cc. Mesin ini menggunakan teknologi PGM-FI (Programmed Fuel Injection) untuk mengoptimalkan pembakaran bahan bakar dan memberikan efisiensi bahan bakar yang baik.
Mesin 124.8 cc pada Honda Vario 125 CBS ISS mampu menghasilkan tenaga maksimal sebesar 8.68 PS pada 6.500 rpm dan torsi puncak sebesar 10.54 Nm pada 5.000 rpm. Mesin ini juga dilengkapi dengan sistem pendingin udara (air-cooled) untuk menjaga suhu mesin tetap stabil.