Honda Vario memiliki fitur ISS (Idling Stop System) yang membantu meningkatkan efisiensi penggunaan bahan bakar dengan cara mematikan mesin secara otomatis saat motor berhenti dalam waktu tertentu. Namun, Vario tidak dilengkapi dengan fitur indikator ECO seperti pada beberapa model sepeda motor Honda lainnya.
Meskipun tidak memiliki indikator ECO, pengendara Vario masih dapat memanfaatkan ISS untuk membantu menghemat konsumsi bahan bakar. Dengan ISS, motor akan lebih hemat bahan bakar terutama saat berada dalam kondisi berhenti yang sering terjadi saat berkendara di perkotaan.
Fitur ISS pada Vario dapat membantu mengurangi emisi gas buang dan juga mengurangi konsumsi bahan bakar secara keseluruhan. Meskipun tidak dilengkapi dengan indikator ECO, pengguna Vario dapat tetap mengoptimalkan efisiensi penggunaan bahan bakar dengan memanfaatkan fitur ISS yang telah disematkan pada motor tersebut.