Piston yang digunakan pada Honda Vario 160 memiliki ukuran diameter 60 mm. Ukuran piston yang lebih besar ini merupakan salah satu faktor yang membuat mesin Vario 160 menjadi lebih gahar dibandingkan dengan pendahulunya, Vario 150. Dengan konfigurasi mesin 60 mm x 55,5 mm (bore x stroke), piston Vario 160 memungkinkan peningkatan power yang signifikan.
Penggunaan piston berukuran lebih besar ini memungkinkan mesin dapat menghasilkan tenaga yang lebih besar serta torsi yang lebih kuat. Hal ini juga berdampak pada performa kendaraan secara keseluruhan, memberikan akselerasi yang lebih responsif dan performa mesin yang lebih optimal. Sehingga, dapat dikatakan bahwa diameter piston Vario 160 yang lebih besar menjadi salah satu faktor penentu dalam menunjang performa mesin yang lebih baik.