Kapasitas tangki bahan bakar Honda Vario 160 adalah sebesar 5,5 liter. Hal ini berarti tangki bahan bakar Vario 160 dapat menampung hingga 5,5 liter bensin. Dengan kapasitas tangki sebesar ini, pengendara Vario 160 dapat mengisi bahan bakar dengan jumlah tersebut saat melakukan pengisian di stasiun bahan bakar.
Kapasitas tangki yang cukup besar ini memungkinkan pengendara untuk melakukan perjalanan jarak jauh atau lebih lama tanpa perlu sering-sering mengisi bahan bakar. Meskipun demikian, kapasitas tangki ini juga perlu disesuaikan dengan konsumsi bahan bakar yang efisien agar pengendara tidak kehabisan bahan bakar di tengah perjalanan.