Rangka yang digunakan pada Honda Vario 125 tahun 2016 adalah rangka underbone. Rangka underbone merupakan desain rangka yang umum digunakan pada skuter matik atau skutik, termasuk Honda Vario 125. Rangka underbone biasanya terbuat dari bahan yang ringan namun tetap kokoh, sehingga memberikan kestabilan saat berkendara. Posisi mesin pada rangka underbone biasanya berada di bagian bawah atau di bawah tangki bahan bakar, sehingga memberikan kesan ramping pada desain motor.
Rangka underbone pada Honda Vario 125 Tahun 2016 memiliki kelebihan dalam hal manuverabilitas dan kemudahan dalam manuver di tengah kemacetan perkotaan. Selain itu, rangka underbone juga memberikan kestabilan saat berkendara pada kecepatan menengah. Dengan desain rangka ini, Honda Vario 125 Tahun 2016 menjadi pilihan yang nyaman untuk digunakan sehari-hari dalam aktivitas berkendara di perkotaan.