Honda Vario 125 generasi pertama, atau yang sering disebut sebagai Vario 125 Old, diluncurkan dengan dua tipe sistem pengereman, yaitu Combi Brake System (CBS) dan CBS dengan Idling Stop System (ISS).
Combi Brake System (CBS): Merupakan fitur pengereman yang diaplikasikan pada Honda Vario 125 generasi pertama. CBS adalah sistem pengereman yang menghubungkan rem depan dan rem belakang secara otomatis. Ketika pengendara hanya menggunakan tuas rem depan, maka rem belakang juga akan aktif secara bersamaan dengan pemberian tekanan yang seimbang. Hal ini membantu pengendara dalam melakukan pengereman dengan lebih stabil dan aman.
CBS dengan Idling Stop System (ISS): Selain dilengkapi dengan CBS, sebagian tipe Honda Vario 125 Old juga dilengkapi dengan fitur Idling Stop System (ISS). Fitur ISS memungkinkan mesin mati secara otomatis saat motor berhenti dalam jangka waktu tertentu, seperti saat berhenti di lampu merah. Ketika pengendara memberikan throttle, mesin akan menyala kembali dengan cepat dan mulus. Fitur ISS membantu menghemat konsumsi bahan bakar dan mengurangi emisi gas buang.
Dengan demikian, Honda Vario 125 generasi pertama, atau Vario 125 Old, sudah dilengkapi dengan Combi Brake System (CBS) sebagai fitur pengereman standarnya. Beberapa tipe juga dilengkapi dengan fitur tambahan yaitu CBS dengan Idling Stop System (ISS) untuk meningkatkan efisiensi dan kenyamanan dalam penggunaan sehari-hari.