Honda New Vario 125 menggunakan kunci Honda Smart Key System. Kunci ini merupakan inovasi terbaru dari Honda yang memungkinkan pengendara untuk membuka dan menyalakan motor tanpa perlu menyentuh kunci fisik. Sebagai gantinya, Honda Smart Key System menggunakan remote yang dapat digunakan untuk mengontrol kunci motor dari jarak jauh.
Dengan adanya Honda Smart Key System, pengendara tidak perlu repot lagi dengan kunci fisik yang bisa jadi hilang atau rusak. Cukup dengan membawa remote kecil yang dilengkapi dengan tombol-tombol kontrol, pengendara bisa dengan mudah mengunci dan membuka motor serta menyalakan mesin hanya dengan menekan tombol-tombol yang tersedia pada remote tersebut.
Selain memberikan kenyamanan bagi pengendara, Honda Smart Key System juga memberikan keamanan ekstra karena dilengkapi dengan fitur keamanan canggih yang membuat motor sulit untuk dibobol oleh pencuri. Dengan demikian, Honda New Vario 125 tidak hanya unggul dari sisi performa dan desain, tetapi juga dari sisi keamanan dengan penggunaan Honda Smart Key System.