Honda Vario 125 menggunakan rangka pipa sebagai strukturnya. Rangka pipa ini dipilih karena dianggap lebih kokoh dan tidak mudah keropos serta berkarat. Meskipun terdapat isu mengenai rangka eSAF yang mudah keropos dan berkarat pada beberapa motor skutik di kelasnya, Honda Vario 125 tetap menggunakan rangka pipa sebagai pilihan untuk memastikan keamanan dan ketahanan motor.
Keberadaan rangka pipa ini memberikan keunggulan tambahan bagi Honda Vario 125. Selain memberikan keamanan yang lebih baik, rangka pipa juga memberikan kestabilan saat berkendara. Dengan menggunakan rangka pipa, Honda Vario 125 mampu memberikan konsumsi bahan bakar yang rendah namun tetap memiliki kecepatan maksimal yang kompetitif di kelas 125 cc.
Sebagai tambahan, Honda Vario 125 juga dilengkapi dengan bagasi yang lumayan besar, sehingga menjadikannya pilihan favorit bagi banyak pengendara yang membutuhkan ruang penyimpanan tambahan untuk membawa barang bawaan. Dengan kombinasi rangka pipa, konsumsi bahan bakar yang efisien, kecepatan maksimal yang kompetitif, dan bagasi yang luas, Honda Vario 125 tetap menjadi salah satu pilihan utama di kelasnya.