Honda Vario 125 menggunakan mesin berkapasitas 125 cc, 4 langkah, 1 silinder, serta berpendingin udara. Mesin ini mampu menghasilkan tenaga sebesar 10,9 dk pada 8500 RPM dan torsi puncak mencapai 10,8 Nm pada putaran 5000 RPM. Mesin Vario 125 dilengkapi dengan teknologi eSP (enhanced Smart Power) yang membuatnya lebih efisien dalam konsumsi bahan bakar dan ramah lingkungan. Mesin ini juga didukung oleh sistem injeksi bahan bakar untuk meningkatkan performa dan responsifitas gas.
Dibandingkan dengan Honda Vario 150, mesin Vario 125 memiliki tenaga dan torsi yang lebih rendah karena kapasitas mesin yang lebih kecil. Meskipun demikian, mesin Vario 125 tetap mampu memberikan performa yang handal untuk kebutuhan harian dan perjalanan jarak pendek hingga menengah. Mesin yang handal dan efisien menjadikan Honda Vario 125 sebagai pilihan yang populer di segmen skutik 125 cc di Indonesia.