Vario 125 generasi lama atau yang lebih dikenal dengan sebutan "Vario 125 lawas" menggunakan sistem kunci manual. Artinya, untuk menghidupkan mesin dan membuka kunci stir, pengguna harus memasukkan kunci fisik ke dalam lubang yang terdapat di setang sepeda motor. Kunci manual ini berfungsi sebagai alat pengaman agar orang lain tidak dapat dengan mudah mengoperasikan sepeda motor tanpa memiliki kunci yang sesuai.
Dalam penggunaan kunci manual ini, pengguna harus memutar kunci untuk menghidupkan mesin atau membuka kunci stir. Kemudian, setelah selesai menggunakan sepeda motor, pengguna perlu mengunci kembali stir dengan memasukkan kunci dan memutar kembali.
Namun, pada varian terbaru Vario 125 tahun 2023, Honda telah menghadirkan fitur baru yang disebut "keyless remote". Fitur ini memberikan proteksi keamanan yang lebih baik dibandingkan dengan sistem kunci manual yang digunakan pada varian lawas.
Dengan menggunakan keyless remote, pengguna tidak perlu lagi menggunakan kunci fisik untuk menghidupkan mesin atau membuka kunci stir. Pengguna hanya perlu membawa remote yang berfungsi sebagai kunci elektronik. Dengan menekan tombol pada remote, mesin dapat dihidupkan dan kunci stir dapat dibuka.
Keunggulan dari sistem keyless remote ini adalah pengguna tidak perlu lagi mencari kunci fisik saat akan menggunakan sepeda motor. Selain itu, sistem ini juga memberikan keamanan yang lebih baik karena kunci elektronik sulit untuk dipalsukan atau dicuri. Dengan demikian, pengguna dapat lebih nyaman dan aman dalam menggunakan sepeda motor Vario 125 terbaru.