Honda Vario 125 menggunakan jenis rangka yang disebut sebagai rangka underbone. Rangka underbone merupakan jenis rangka motor yang umum digunakan pada skuter matik atau skutik. Rangka ini didesain dengan rangka bagian bawah yang menopang mesin dan komponen lainnya, serta tidak memiliki rangka atas yang menutupi mesin seperti pada rangka tubular.
Rangka underbone pada Honda Vario 125 memberikan kelebihan dalam hal kemudahan manuver dan handling yang baik, sehingga membuat motor ini nyaman digunakan untuk berkendara dalam kepadatan lalu lintas perkotaan. Selain itu, desain rangka ini juga memberikan tampilan yang ringan dan kompak pada motor Honda Vario 125.