Pada tanggal 20 Maret 2013, Honda Vario 125 pertama kali dilengkapi dengan Idling Stop System (ISS) yang merupakan fitur inovatif untuk meningkatkan efisiensi bahan bakar. Fitur ISS ini membuat mesin mati secara otomatis setelah lebih dari 3 detik berhenti, dan akan menyala kembali saat tuas gas ditekan. Selain itu, Vario 125 CBS ISS juga dilengkapi dengan ACG Starter yang membuat start mesin menjadi lebih halus dan nyaman.
Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa Vario 125 CBS ISS pertama kali keluar pada tahun 2013. Fitur ISS dan CBS pada Vario 125 ini menjadi salah satu keunggulan dan inovasi yang ditawarkan oleh Honda untuk meningkatkan performa, efisiensi, dan kenyamanan pengendara dalam berkendara.