Honda Vario 125 tidak menggunakan rangka eSAF (enhanced Smart Architecture Frame) seperti yang digunakan pada beberapa model skuter matik Honda terbaru. Rangka eSAF merupakan teknologi rangka terbaru dari Honda yang diklaim memiliki kekuatan dan keamanan yang lebih baik. Rangka ini terbuat dari bahan yang lebih ringan namun tetap kuat, sehingga memberikan manfaat dalam hal performa, efisiensi bahan bakar, dan kestabilan.
Meskipun Vario 125 tidak menggunakan rangka eSAF, namun tetap memiliki konstruksi rangka yang kuat dan handal. Skuter ini menggunakan rangka pipa yang terbukti telah teruji dan berhasil dalam berbagai kondisi jalan. Rangka pipa memberikan kekuatan yang cukup untuk menopang berat pengendara dan mempertahankan stabilitas saat berkendara.
Pada beberapa model Honda Vario 125, terdapat livery spesial yang mencuri perhatian. Livery ini umumnya terinspirasi oleh desain yang populer di Filipina, seperti pada Honda Click 125 yang juga menggunakan rangka underbone. Meskipun rangka Vario 125 berbeda dengan Click 125, namun kedua skuter ini memiliki popularitas yang tinggi di Filipina. Desain livery spesial ini memberikan tampilan yang unik dan menarik bagi para pengendara.