Motor Honda Vario 125 menggunakan rangka underbone. Rangka underbone merupakan jenis rangka motor yang umum digunakan pada skuter matik atau matic seperti Honda Vario 125. Rangka underbone didesain dengan rangka utama yang menyatu dengan bodi motor, sehingga memberikan kesan ringkas dan aerodinamis. Rangka ini juga memberikan stabilitas dan kenyamanan saat berkendara di perkotaan yang padat.
Selain Honda Vario 125, motor lain yang menggunakan rangka underbone antara lain Yamaha Mio dan Suzuki Skydrive. Rangka underbone ini cocok digunakan untuk motor-motor dengan kapasitas mesin kecil hingga menengah seperti Honda Vario 125.