Honda Vario 125 memiliki kapasitas tangki bahan bakar sebesar 5.5 liter. Oleh karena itu, saat tangki bahan bakar Vario 125 diisi penuh atau full tank, maka jumlah bensin yang dapat dimasukkan adalah sebanyak 5.5 liter.
Dengan kapasitas tangki sebesar itu, Vario 125 memungkinkan untuk melakukan perjalanan lebih jauh dan lebih lama tanpa perlu sering berhenti untuk mengisi ulang bensin. Ini memberikan kenyamanan dan efisiensi dalam penggunaan sehari-hari serta perjalanan jarak jauh.