Tangki dari Honda Vario 125 2016 memiliki kapasitas sebesar 5,5 liter. Dengan kapasitas tangki sebesar itu, pengendara dapat mengisi bensin hingga penuh dengan biaya sekitar Rp55.000 menggunakan BBM jenis Pertalite. Namun, saat mengisi bensin full tank, disarankan untuk berhati-hati agar tidak sampai meluber. Hal ini bertujuan untuk mencegah tumpahan bahan bakar yang dapat berbahaya dan merusak komponen sepeda motor.
Selain itu, dengan mengetahui kapasitas tangki dari Honda Vario 125 2016, pengendara dapat merencanakan perjalanan dan menghitung estimasi jarak tempuh yang bisa ditempuh sebelum harus mengisi ulang bensin. Dengan demikian, pengguna sepeda motor dapat lebih efisien dalam merencanakan perjalanan sehari-hari atau perjalanan jarak jauh.