Honda Vario 125 memiliki efisiensi bahan bakar sebesar 51,7 km/liter. Artinya, dengan 1 liter bahan bakar, New Honda Vario 125 dapat menempuh jarak sejauh 51,7 kilometer. Efisiensi ini telah diuji menggunakan metode WMTC (World Motorcycle Test Cycle) Euro 3 yang merupakan standar pengujian yang diakui secara internasional untuk sepeda motor. Selain itu, fitur Idling Stop System (ISS) juga turut berkontribusi dalam meningkatkan efisiensi bahan bakar pada kendaraan ini. Dengan ISS aktif, mesin akan mati secara otomatis saat berhenti dalam kondisi tertentu seperti di lampu merah, dan akan menyala kembali saat gas ditekan.
Dengan efisiensi bahan bakar sebesar 51,7 km/liter, Honda Vario 125 dapat menjadi pilihan yang ekonomis bagi para pengguna sepeda motor yang mengutamakan efisiensi dalam penggunaan bahan bakar. Meskipun performa mesin dan fitur-fitur lainnya juga menjadi pertimbangan dalam memilih kendaraan, efisiensi bahan bakar yang tinggi dapat membantu pengguna menghemat biaya operasional sepeda motor dalam jangka panjang.