Panjang stroke Vario 125 New adalah 52,4 mm. Diketahui bahwa dengan menggunakan piston Honda CS1 berukuran 58 mm, kapasitas mesin Vario 125 New menjadi 153 cc atau dibulatkan menjadi 155 cc. Hal ini menunjukkan bahwa mesin Vario 125 New memiliki langkah (stroke) sebesar 52,4 mm yang berperan penting dalam menentukan kapasitas mesinnya.
Dengan demikian, panjang stroke Vario 125 New adalah 52,4 mm. Panjang stroke ini mengacu pada jarak yang ditempuh oleh piston dari titik TMA (Titik Mati Atas) hingga titik TMB (Titik Mati Bawah) saat melakukan proses naik dan turun dalam silinder mesin. Panjang stroke yang tepat sangat berpengaruh pada performa dan karakteristik mesin, termasuk tenaga dan torsi yang dihasilkan.