Honda Vario 125 memiliki kapasitas tangki bensin sebesar 5,5 liter. Hal ini sudah diuji oleh pihak Honda sendiri menggunakan metode WMTC (World Motorcycle Test Cycle) Euro 3. Selain itu, Honda Vario 125 juga dilengkapi dengan fitur Idling Stop System (ISS) yang dapat membantu menghemat konsumsi bahan bakar.
Dengan kapasitas tangki bensin sebesar 5,5 liter, Honda Vario 125 dapat menampung jumlah bahan bakar yang cukup untuk perjalanan jarak menengah hingga jauh tanpa perlu sering mengisi ulang tangki. Kapasitas tangki yang cukup ini juga membuat Honda Vario 125 menjadi pilihan yang praktis dan efisien untuk digunakan sehari-hari.