Honda Vario 125 CBS memiliki efisiensi bahan bakar sebesar 51,7 km/liter. Efisiensi bahan bakar ini sudah diuji oleh pihak Honda menggunakan metode WMTC (World Motorcycle Test Cycle) Euro 3 dan fitur Idling Stop System (ISS) dalam kondisi aktif.
Dengan demikian, Honda Vario 125 CBS mampu menempuh jarak sejauh 51,7 kilometer dengan menggunakan 1 liter bahan bakar. Hal ini menunjukkan bahwa Vario 125 CBS memiliki performa yang efisien dalam konsumsi bahan bakar, sehingga cocok digunakan untuk perjalanan jarak jauh maupun harian.