Honda Vario 125 2013 memiliki kapasitas tangki bensin sebesar 5,5 liter. Hal ini sudah diuji oleh pihak Honda sendiri menggunakan metode WMTC (World Motorcycle Test Cycle) Euro 3. Selain itu, Vario 125 2013 juga dilengkapi dengan fitur Idling Stop System (ISS) yang membantu menghemat konsumsi bahan bakar dengan mematikan mesin secara otomatis saat dalam keadaan diam.
Dengan kapasitas tangki sebesar 5,5 liter, Honda Vario 125 2013 dapat menampung jumlah bahan bakar yang cukup untuk perjalanan jarak menengah hingga jauh. Sehingga, pengguna dapat melakukan perjalanan tanpa perlu sering berhenti untuk mengisi ulang bahan bakar. Selain itu, kombinasi antara kapasitas tangki yang cukup dan fitur ISS membuat motor ini menjadi pilihan yang efisien dan ramah lingkungan.