Blok silinder bawaan Honda Vario 125 generasi pertama memiliki diameter standar sebesar 52,4 mm. Meskipun blok silinder ini dapat dikorter hingga ukuran piston 56 mm, namun untuk penggunaan sehari-hari disarankan untuk tidak melakukan pengeboran (bore up) melebihi ukuran 54 mm. Hal ini dikarenakan pengeboran yang terlalu besar dapat berdampak negatif pada kinerja mesin, termasuk peningkatan suhu dan risiko kerusakan komponen.
Dengan demikian, bagi pengguna Honda Vario 125 generasi pertama yang ingin melakukan peningkatan performa mesin, disarankan untuk melakukan bore up hingga ukuran 54 mm saja guna mempertahankan keseimbangan antara performa dan daya tahan mesin. Selain itu, perlu diingat bahwa peningkatan ukuran piston juga harus disertai dengan penyesuaian komponen lain seperti karburator, knalpot, dan pengaturan ulang mesin untuk mendapatkan hasil yang optimal.