Honda Vario 125 CBS adalah skuter matik yang menggunakan mesin berkapasitas 124.8 cc. Mesin ini termasuk dalam kategori mesin yang disebut sebagai "mesin kapasitas kecil" atau "mesin underbone". Mesin ini memiliki konfigurasi silinder tunggal dan mampu menghasilkan tenaga maksimum sebesar 9.8 PS pada 8,000 rpm dan torsi maksimum sebesar 10.5 Nm pada 6,500 rpm.
Mesin Vario 125 CBS menggunakan teknologi PGM-FI (Programmed Fuel Injection) yang menjadikan penggunaan bahan bakar lebih efisien dan ramah lingkungan. Selain itu, mesin ini juga dilengkapi dengan sistem pendingin udara (air-cooled) untuk menjaga suhu mesin tetap stabil.