Honda Vario 125 memiliki kapasitas tangki sebesar 5,5 liter. Kapasitas tangki ini penting untuk diketahui karena akan berpengaruh pada jarak tempuh yang dapat ditempuh oleh motor sebelum perlu mengisi ulang bahan bakar. Dengan kapasitas tangki sebesar 5,5 liter, pengendara dapat memperkirakan sejauh apa motor dapat melaju sebelum perlu mencari stasiun pengisian bahan bakar.
Selain itu, Honda juga melakukan pengujian terhadap konsumsi bahan bakar motor Vario 125 dengan metode WMTC (World Motorcycle Test Cycle) Euro 3. Pengujian ini dilakukan dengan fitur Idling Stop System (ISS) menyala. Hasil dari pengujian ini memberikan gambaran mengenai efisiensi bahan bakar yang dapat dicapai oleh motor Vario 125 dalam kondisi penggunaan sehari-hari. Dengan begitu, konsumen dapat memiliki informasi yang lebih akurat mengenai seberapa hemat bahan bakar motor ini dalam penggunaan sehari-hari.